Район Хаконе-Фудзи представляет собой южное окончание грабена Фосса - Магна, где интенсивно развивался раннемиоценовый вулканизм. В среднем и позднем миоцене вулканизм стал затухать, но возобновился в конце плиоцена и в плейстоцене. В плейстоцене сформировались сложные влк. Хаконе и Фудзияма. Хаконе (1438 м) —на северо-западном борту грабена-залива Сагами, близ горстового блока гор Канто. 35° 14' с.ш., 139°01' в.д. Влк. насажен на систему разломов, оконтури - вающих депрессии зал. Сагами и впадины Канагава, заполненной миоценовыми, плиоценовыми и плейстоценовыми отложениями большой мощности.
Хаконе—андезитовый щит дм. 25 и 20 км, лежащий на верхнемиоценовых морских отложениях. На вершине щита древняя кальдера типа Гленко дм. 8 и 12 км. В древней кальдере концентрически расположена более молодая кальдера, заполненная пирокластическими отложениями. На ее днище подпрудное оз. Асино дл. 5 км и шир. 1 км. Восточнее озера в кальдере группа центральных конусов - стратовулканов. В кальдере Ха - коне 7 конусов, которые слились в единый массив дл. 8 км. Их объем 100 куб. км, а площадь—360 кв. км. Фудзияма (3776 м) —в зоне Фосса-Магна, на ее южном окончании. 35° 21' с. ш., 138° 44' в. д. Потухший базальтовый стратовулкан сложного строения. Конус дм. 30 км занимает территорию в 896 кв. км, объем 389 куб. км. Влк. охвачен полукольцевым хребтом, сложенным плиоценовыми породами. Между полу кольцевым хребтом и массивом Фудзияма—долина (на отметках 300— 400 м). В ней подпрудные оз.: Мото - су, Сноджи, Сайко, Яманака.
Фудзияма представляет собой три слившихся разновозрастных влк. Наиболее древним из них, раннеплейстоценовым, является Коматаке, находящийся в северной части массива Фудзияма; андезитовые лавы и их пирокласты. Его деятельность прекратилась в среднем плейстоцене. Затем он был сильно разрушен. Его остатки погребены под лавами влк. Старый Фудзи и Новый Фудзи. Старый Фудзи, или Кофудзи, возник на юго-западном склоне Коматаке. Он сложен пирокластами, грязевыми потоками лахарного типа и базальтовыми лавами, обнажающимися сейчас в подножии массива Фудзияма. Возраст лахарных отложений 24 тыс. лет. В позднем плейстоцене Старый Фудзи прекратил свою деятельность и был разрушен. Его руины погребены под покровом лав и пирокластов влк. Хуци, или Новый Фудзи.
Последний возник в голоцене в небольшом удалении от центра Старого Фудзи. Конус его увенчивает массив, перекрывающий руины более древних конусов. Он сложен более чем тысячью потоков пироксеноливиновых базальтов и их пирокластов. На вершине влк. кратер дм. 800 м, гл. 200 м. В 3 км юго-восточнее вершины разрушенный побочный кратер Хеодзан (2702 м). Склоны влк. имеют паразитические конусы. Последние извержения произошли в 864 и 1707 г.
