Относительно небольшая островная глыба Кюсю имеет сложное строение. На севере расположена древняя глыба гор Цукуси (1055 м), продолжающая на юго-запад древнюю структуру гор Тюгоку о-ва Хонсю. На юге—древняя глыба, продолжающая структуру гор Эхиме о-ва Сикоку. Она входит составной частью в островную дугу Рюкю. В средней части о-в пересечен в юго-западном направлении зоной больших разломов, называемой Медиан Лайн (Срединная Линия); она протягивается сюда с о-ва Сикоку. На эти крупные древние структуры наложены более мелкие новейшие горсты и грабены, ориентированные вдоль Медиан Лайн в юго-западном направлении. С ними связаны интенсивные проявления четвертичного вулканизма северного окончания дуги Рюкю. Активный вулканизм связан с системами грабенов, протягивающихся через о-ва Гото и Ики, и грабенов, секущих о-в Кюсю с юго-запада на северо-восток. Одна из этих систем протягивается от г. Нагасаки к г. Оита. Островная цепь Гото - Ики. Эта цепь тесно примыкает в структурном отношении к глыбе о-ва Кюсю. Она расположена северо-западнее о-ва Кюсю, в Цусимском прол. С юго-запада на северо-восток протягиваются о-ва Гото, Хирадо, Ики. Архипелаг Гото вытянут в северо-восточном направлении вдоль разломов. Он состоит из о-вов Фукуэ, Накадори и ряда более мелких.
