Эта островная дуга сложена реликтами древних складчатых поясов, которые в совокупности с миоцен-плиоценовыми прогибами образовали неогеновую островную дугу. Общая мощность земной коры достигает здесь 40— 42 км. Строение Японской дуги характерно тем, что в ней присутствует мощный гранитный слой, имеющий сложное строение. Вдоль всей дуги базальтовый слой имеет мощность 17 — 28 км