Вулкан Малый Чекчебонай имеет отчетливые следы воздействия как первой, более ранней, так и второй стадии верхнеплейстоценового оледенения, обломки его лав обнаружены в обоих ледниковых комплексах. На этом основании, а также принимая во внимание сильную разрушенность вулканического сооружения, возраст вулкана датируется как доверхнечетвертичный, т. е. нижне-среднечетвертичный