Вулкан Бонгабти располагается на левобережье реки Быстрой Козыревской, занимая водораздел двух ее притоков: Димшикана и Оемтевлана. Абсолютная высота — 1823 м (1821 м по современным сведениям. — Прим. ред. сайта), относительная около 500 м, диаметр основания более 10 км. Площадь его около 85 км², объем изверженного материала — 30 км³. По данным С. Е. Апрелкова, вулкан представляет собой сильно разрушенный пологий конус с широкой эрозионной кальдерой в центре, поперечник которой достигает 3–4 км. Склоны вулкана распаханы троговыми долинами. В разрезах вулкана наблюдается чередование однообразных покровов оливин-пироксеновых базальтов мощностью 2–6 м.
В верхней части разреза иногда отмечаются отдельные прослои псефитовых туфов с заметно выраженной гравитационной сортировкой. Мощность их достигает 30 м. Общая мощность базальтовых покровов — 250 м. Покровы базальтов вблизи гребня кальдеры имеют довольно крутое (20–25°) падение. Периклинальное залегание лавовых потоков четко устанавливается по замерам на всех склонах вулкана. В центре эрозионной кальдеры имеется небольшая возвышенность куполообразной формы высотой около 300 м и диаметром 800–900 м. Она сложена черно-зелеными оливин-пироксеновыми долеритами (жерловая интрузия). По гребню и внутренним склонам кальдеры наблюдается прижерловая серия даек базальтов. Дайки являются радиальными, реже встречаются кольцевые и пластовые. Мощность варьирует от 0,25 до 1,5 м. Возраст вулкана древнечетвертичный
