Зарождение магмы на глубине — во многом ещё неизученный процесс, т.к. никакими способами и методами сейчас невозможно проникнуть на глубины в десятки километров, где появляются первые капли расплава. Единственное, что мы можем сделать, — это моделировать плавление горных пород в особых приборах, которые выдерживают большие температуру и давление.
Можно также добавлять различные вещества в расплавленные породы, т.е. в искусственную магму, приближаясь к природным процессам. Но именно приближаясь, а не создавая опытным путём истинные условия, существующие в глубинах Земли и не очень хорошо известные нам. Уже давно отброшена мысль, что под земной корой существует некий слой расплавленных горных пород. Магма, возникая то в одном, то в другом месте, свидетельствует, что недра нашей планеты не находятся в состоянии покоя и в них всё время происходят процессы, находящие отражение на поверхности Земли. Самой примечательной чертой этих событий является их исключительно малая скорость (от долей миллиметров до нескольких сантиметров в год, но не более).
На глубинах 50—100 км вещество верхней мантии Земли, т.е. слоя, расположенного под земной корой, находится в твёрдом состоянии, несмотря на высокие температуры. Об этом можно судить по скорости прохождения сейсмических волн от землетрясений или крупных взрывов (например, атомных), т.к. соотношение между скоростью волны и плотностью вещества хорошо известно. В тех местах, где сейчас действуют вулканы, на глубинах 80—100 км в мантии выявлено уменьшение скоростей сейсмических волн, т.е. плотность вещества становится меньше, а это может быть связано с увеличением температуры. Как установлено опытным путём, плавление начинается на границах между зёрнами минералов, причём не по всей границе, а только там, где эти зёрна соприкасаются острыми углами.
Поэтому первичный магматический очаг представляет собой как бы своеобразную губку, в которой содержится всего от 1 до 5—6% расплава. Капли расплава соединяются, сливаются между собой и начинают перемещаться туда, где давление меньше. Скапливаясь уже в больших объёмах, они образуют промежуточные очаги магмы — будущие интрузии. Скопление магмы вызывает плавление окружающих пород, очаг магмы увеличивается в объёме и несколько меняется по составу, т.к. магма «переваривает» и усваивает куски окружающих пород, попавшие в неё. И только потом из этого очага магма по подводящему каналу может достигнуть поверхности, и произойдёт извержение вулкана; а может и не выйти на неё (поверхность) — тогда после остывания магмы сформируется интрузия.
Геологи всегда уделяют интрузиям особенное внимание, потому что с ними связаны многочисленные рудные полезные ископаемые: золото, серебро, свинец, цинк, олово, молибден, вольфрам и др. Наиболее благоприятные участки для скопления рудного вещества — это зоны контакта, соприкосновения интрузии и окружающих пород. Именно там из горячих рудных растворов, циркулирующих в остывающей магме, и выделяется рудное вещество, образуя месторождения полезных ископаемых.