Эта система горных дуг и впадин протягивается на 2500 км, от Южной Америки до Мексиканского зал., и имеет сложное строение. Территории юго-восточнее оз. Никарагуа находятся в районе земной коры, которая еще в мезозое была океанической земной корой. В кайнозое она претерпела коренную перестройку. Территории северо-западнее оз.Никарагуа расположены на древней континентальной коре. В плиоцене и плейстоцене на эти разнохарактерные части Центральной Америки наложились молодые структуры больших разломов, грабенов и горстов, протягивающихся вдоль берега Тихого океана. Это глубоководный (6489 м) Центрально-Американский океанический желоб, а вдоль него геоантиклинальные прибрежные поднятия и параллельная им риф - товая зона. Они протягиваются с юго-востока на северо-запад на 1200 км. На юге Центрально-Американской горной системы расположены Панамская и Костариканская горные дуги с насаженными на них молодыми влк.
Севернее находится горное плато и большая впадина. Она представляет собой часть рифтовой зоны, которая протягивается параллельно берегу океана. В ней расположены большие озера: Никарагуа (160x75 км) и Манагуа (65x40 км). К бортам и днищу впадины приурочены влк., цепь которых тянется по берегу Тихого океана до зал. Фонсека. Северо-западнее Никарагуанской впадины расположено обширное горное плато. Его ядро образует пояс древних кристаллических пород Сьерры-де-лас-Минас, который пересекает с запада на восток Центральную Америку. Южнее протягивается рифтовая зона. К ней приурочены молодые влк. Новейший вулканизм начался в Центральной Америке еще в миоцене, когда сформировались мощные покровы кислых лав и пирокластов, возникшие при грандиозных трещинных извержениях. В плейстоцене и голоцене на этих покровах возникли крупные стратовулканы, сложенные андезитами, дацитами и риолитами, реже базальтами. Они приурочены к южному борту рифтовой зоны, и для них характерны щелочноземельные лавы нормального ряда. Расположенные восточнее потухшие влк. имеют преимущественно базальтовые, более щелочные лавы. Таким образом, в Центральной Америке химический состав лав молодых влк. изменяется с запада на восток аналогично изменениям состава лав в Андах. Молодые влк. Центральной Америки группируются в трех провинциях (Панамско-Костариканской, Никарагуанской, Сальвадорско-Гватемальской).