Центральная часть Зондского прол.— грабен северо-восточного простирания, осложняющий миоцен-плиоценовый купол. Грабен пересечен системой разломов, протягивающихся с Суматры. На разломной зоне северо-восточного простирания расположена цепь островов-вулканов: Панай - тан, Кракатау, Себеси, Себуку и находящийся на юго-восточном конце Суматры влк